أسس الدكتور فوزي إسطفانوس والدكتور جودت جبره مؤسسة "القديس مرقس لدراسات التاريخ القبطي" 1998م - لاحقًا "سان مارك لتوثيق التراث"- وحظيت برعاية مثلث الرحمات قداسة البابا شنودة الثالث، ثم رعاية ورئاسة قداسة البابا تواضروس الثاني.
تهدف المؤسسة إلى دراسة وتجميع ونشر وتوثيق التراث القبطي، ومساعدة الباحثين في مجال الدراسات القبطية سواء في مجال الآثار، أو التاريخ، أو اللغة، أو العمارة، أو تاريخ الفن.
خلال مسيرة المؤسسة لأكثر من عشرين عامًا، ساهمت بالعديد من الإصدارات المحلية والعالمية باللغتين العربية والإنجليزية، من تأليف وإعادة طبع وترجمة لحوالي 25 كتابًا.
وعلى صعيد المؤتمرات العلمية عقدت المؤسسة ثلاثة عشر مؤتمرًا؛ 9 مؤتمرات دولية و3 مؤتمرات محلية، كما نظمت "المؤتمر الدولي للقبطيات" عام 2008م، وتم نشر جميع هذة المؤتمرات.
كما اقامت المؤسسة مجموعة من ورش العمل المتخصصة تناولت الحياة اليومية والمرأة في العصر القبطي وتاريخ البطاركة ومصادر الطقس، هذا بالإضافة إلي تاريخ الفن القبطي.
وقدمت المؤسسة 16 قرص مضغوط مسجل بها نحو40% من المخطوطات القبطية الموجودة بالخارج وتفضل مثلث الرحمات قداسة البابا شنودة الثالث بتقديمها كهدية رمزية إلى "مكتبة الإسكندرية" عند زيارته التاريخية الأولى لها في 23 فبراير 2003م.