1. الوقف: هو نظام قانوني اصوله ترجع الى الشريعة الإسلامية، وله ما يقابله في التشريعات الغربية. وينظم الوقف في مصر الان القانون رقم 48 لسنة 1946، ويتمتع بحماية ورعاية دستورية بمقتضى نص المادة (90) من الدستور ومن اهم مزايا الوقف، وهو انه لا يجوز الاستلاء على العقارات الموقوفة او تملكها بوضع اليد المدة الطويلة. 

1. حينما أنشئت المجالس الملية في القرن الثامن عشر كان من اهم اختصاصاتها الاشراف على إدارة اوقاف الكنيسة والجهات التابعة لها كالمستشفيات والمدارس والملاجئ، غير انها لم تحقق النجاح المرجو في الاشراف على تلك الأوقاف.
2. خلال عام 1959 واجهت الكنيسة مشكلتين

الأولى: رغبة الدولة في تطبيق احكام قوانين الإصلاح الزراعي على اوقاف الكنيسة.

الثانية: هي سوء إدارة اوقاف الكنيسة.

ومن ثم عهد المجمع المقدس الى لجنة قانونية من اراخنة الكنيسة للبحث عن حل فانتهت هذه اللجنة الى وجوب استصدار قانون يقضي بإنشاء هيئة عامة تتولى الاشراف على إدارة اوقاف الكنيسة تحت رقابة الجهاز المركزي للمحاسبات وان يتولى اتخاذ ما يلزم لتطبيق احكام قوانين الإصلاح الزراعي على اوقاف الكنيسة واستثنائها من بعض احكام تلك القوانين.

وبفضل حكمة قداسة البابا كيرلس والمجمع المقدس وجهود اراخنة الكنيسة، صدر القانون رقم 264 لسنة 1960، وكان من اهم مواده المادة 7،3،2،1 

فقد نصت مادته الأولى على ان [ يستثنى من احكام القانون رقم 152 لسنة 1957 المشار اليه الأراضي الموقوفة على بطريرك وبطريركية الاقباط الأرثوذكس والمطرانيات والاديرة والكنائس وجهات التعليم القبطية الارثوذكسية وجهات البر الأخرى المتعلقة بهم وذلك فيما لا يجاوز مائتي فدان لكل جهة من الجهات الموقوفة عليها ومائتي فدان من الأراضي البور ]

ونصت المادة الثانية على ان [ تنشأ هيئة تسمى هيئة اوقاف الاقباط الأرثوذكس تكون لها الشخصية الاعتبارية، تتولى اختيار القدر المحدد في المادة السابقة واستلام قيمة الأراضي المستبدلة، وتحدد اختصاصات هذه الهيئة بقرار من رئيس الجمهورية ]

ونصت مادته السابعة على ان [ يقوم ديوان المحاسبة بفحص حسابات الهيئة ومراجعتها وتقدم تقرير سنوي اليها بنتيجة هذا الفحص ]

ثم صدر قرار رئيس الجمهورية رقم 1433 لسنة 1960 بتشكيل اول مجلس إدارة للهيئة وتحدد اختصاصاتها وتنظيم شئونها، ومن اهم نصوص هذا القرار الجمهوري مادته الثانية على ] تختص هيئة اوقاف الاقباط الارثوذكس بما يأتي: 

1. الاشراف على ادارة جميع الاوقاف من اطيان وعقارات ومحاسبة القائمين على ادارتها عن اراداتها ومصروفاتها. ولها من هذا السبيل ان تضع النظم التي تراها كفيلة بحسن ادارة الاوقاف وضبط حساباتها وصيانة اموالها واستغلالها في أفضل الوجوه وحصر املاكها وموجوداتها.
2. اعداد الميزانية السنوية العامة لإيرادات ومصروفات الاوقاف.

1. توزيع ريع الاعيان الموقوفة على الجهات الموقوفة عليها بحسب احتياجاتها الحقيقية وما يكفل المحافظة على اغراضها الاصلية.

1. توجيه الفائض بعد احتياجات الجهات الموقوفة عليها نحو مرافق الاصلاح او وجوه الاستغلال التي تراها.

1. تعيين وعزل القائمين على ادارة الاوقاف.

ونصت مادته الثالثة بأن رئيس الهيئة هو الذي يمثلها قانوناً 

وقضت مادته الخامسة بأن ينتخب مجلس الإدارة في اول انعقاد له وكيلاً وسكرتيراً 

ونصت مادته السادسة على ان  لا يتقاضى أعضاء مجلس الإدارة مكافأة او بدل حضور عن عملهم

وخلال المدة من عام 1960 تولى إدارة الهيئة خمسة مجالس إدارة، 

الأول صدر بتشكيله قرار رئيس الجمهورية رقم 1433 لسنة 1960 والأخير صدر بتشكيله قرار رئيس الجمهورية رقم (198) لسنة 2019 بتاريخ 18/4/2019 وللهيئة لائحة داخلية ولائحة مالية.

1. تتولى الهيئة الاشراف على إدارة (4667 فدان و 2 قيراط و 17 سهم) تقريباً للملوكة لعدد (337 وقف) وقف بخلاف اوقاف أخرى محل نزاع مع هيئة الأوقاف المصرية والعديد من العقارات المبنية ويقوم بذلك عدد ( 205 ناظر) ناظر وقف ويعمل بها (11 موظف).

وجميع مستندات الهيئة مصورة ومسجلة على الحاسب الآلي، وتم اخيراً استخدام الحاسب الآلي في تسجيل ومتابعة جميع ما يصدره مجلس إدارة الهيئة من قرارات ومتابعة اعمال نظار الأوقاف، وكذلك ما يرد للهيئة من خطابات وما ترسله من خطابات. 

1. استحدث مجلس الإدارة الحالي عدة مناصب إدارية لضمان حسن سير العمل واستمراريته – وهو منصب – وكيل الهيئة المساعد وسكرتير الهيئة المساعد 

كما أنشأ – هيئة مكتب – برئاسة وكيل الهيئة لتولى النظر في الهام من الاعمال قبل عرضها على مجلس الإدارة.

كما أصدر المجلس عدة قرارات تنظيمية تستهدف ضبط إدارة الأوقاف واحكام الرقابة على اعمال النظار، فضلاً عن اشراك أصحاب النيافة المطارنة والأساقفة في مراقبة اعمال السادة النظار.

وهذه القرارات أهمها ما يلي:

1. ألا يعين ناظر وقف الا بعد موافقة المطران او الاسقف المختص، مع الالتزام في اختيار المرشحين بما جاء بشروط الواقف.
2. ان يكون تعيين الناظر لمدة ثلاثة سنوات فقط قابلة للتجديد، مع سريان هذا الحكم على النظار الحاليين على ضوء حسن قيام كل منهم بأعماله.
3. ألا يتم الموافقة على استبدال أي عقار موقوف الا بعد اخذ رأي المطران او الاسقف المختص. للتحقق من ان الايبارشية في غير حاجة الى هذا العقار ومدى ملائمة الثمن. 
4. ان القرارات التي تصدر بالتصريح لناظر وقف باستبدال عين من اعيان الوقف تسقط بمضي ستة أشهر على صدورها بغير ان يتم تنفيذها.
5. لا يعتمد حسابات ناظر الوقف فيما تتضمنه من صرف مبالغ للكنائس الا بعد اعتمادها من المطران او الاسقف المختص.

مما تجدر الإشارة اليه – ان الجهاز المركزي للمحاسبات لم يسجل خلال الستين سنة الماضية أي مخالفة مالية جسيمة للهيئة.