كنائس الدير:

1- کنيسة العذراء:
وهي تتوسط الدير على مساحة ما يقرب من 650 م وتقام فيها التسبحة وكل الصلوات الليتورجية اليومية، وتضم الكنيسة ثلاثة مذابح الأوسط باسم العذراء مریم، والبحري باسم الثلاثة مقارات، والقبلي باسم يوحنا المعمدان، وتحتوي الكنيسة معمودية لتعميد الكبار، ومعمودية للأطفال، كما تضم عدد من رفات القديسين

2- كاتدرائية العذراء والأنبا يحنس القصير:
وهي کاتدرائية مقامة على مساحة أكثر من 1500 م ومصممة على الطراز القبطي القديم، وقد تم الانتهاء من بنائها، وتضم الكاتدرائية ثلاثة مذابح، المذبح الرئيسي على اسم القديس يحنس القصير، والمذبح البحري على اسمي الشهيد مارمينا والقديس البابا كيرلس السادس والقبلي على اسمي الشهيدين مارجرجس وأبي سيفين ويعلو مدخلها منارتين بارتفاع 40 م
تم تدشينها يوم 30 أكتوبر 2021 بيد قداسة البابا تواضروس الثاني وعدد من أحبار الكنيسة في تذكار نياحة القديس الأنبا يحنس القصير شفيع الدير

3- منطقة القلالي:
على مساحة 7 أفدنة، وتضم عدد 60 قلاية، مقسمة على ثلاثين بلوك، (كل بلوك يحوي قلايتين متلاصقتين)، وقد تم بناء هذه القلالي على الطراز القبطي القديم في شكل القبو والجمالون.