يقــع هــذا الديــر بالقــرب مــن بــاب الخليــل بالقــدس القديمــة ، والراجــح أن إنشــاء هــذا الديــر يرجــع إلــى القــرن الســابع عشــر ، علــى أنـــه مـــن المـــؤكد أنـــه فــي ســنة 1720م كان فــي نفس المــكان الــذي به الآن

ويقــول Ulrich Seetzen فــي كتابــه عــن رحلتــه إلــى ســوريا وفلســطين

Reisen durch Syrien, Palestina

والــذي زار الأماكــن المقدســة ســنة 1806م ، أن ديــر مارجرجــس للراهبــات وديــر الســلطان همــا ملــك للأقبــاط

ومــن بيــن الوثائــق الرســمية المتعلقــة بأمــلاك الأقبــاط فــي القــدس ، وثيقتــان قديمتــان 

أولاهمــا  عبارة عن  أمــر صــادر مــن الشــرع الشــريف إلــى معمــار باشــي مدينــة القــدس ، بتاريــخ 21 ربيــع الأول ســنة 1236هجريــة ( 27 ديســمبر1820م ) ، يتضمــن الإذن بترميــم محــلات ديــر الســلطان والــدار المالصقــة لــه وديــر الخضــر ( مارجرجــس) 

والوثيقــة الثانيــة عبــارة عــن حُجــة أصدرهــا المولــى خلافة أو الملــلا ( قاضــي قضــاة القــدس ) بحضــور نقيــب القــدس ومفتــي القــدس ونقيــب الأشــراف بهــا بتاريــخ 11جمــادي الثانيــة ســنة 1236هـــ ( 16 مــارس 1821م ) إلــى » المعلــم حبيــب القبطــي « وكيــل ديــر الأقبــاط ، ووكيــل كاتــب الســنجق بالقــدس ، مضمونهــا أنــه كُشــف علــى الأجــزاء التــي رُممــت فــي ديــر الســلطان والــدار المحازيــة لــه وديــر الخضــر ، فوجــدت طبقًــا لمــا صــدر بــه الأذن

وقــد أشــار Neophytos فــي كتابــه The Annals of Palestine

إلــى هــذا الديــر فــي ســياق كلامه عــن المنــازل التــي أشــترتها طائفــة الــروم الكاثوليــك بجــوار ديــر مارجرجــس الــذي يملكــه الأقبــاط

وقــال Robinson في كتابه biblical researches in Palestine ســنة 1838م 

 إنــه يقــع فــي  الجانــب الشــمالي لبركــة حزقيــا ( 2 مــل 20:20 ) وأن الأقبــاط كانـــوا قـــد فـــرغوا مــن إعــادة بنائــه عنــد زيارتــه للقــدس

ويقــول Tobler  فــي كتابــه Topographie von Jerusalem ســنة 1853م

 عنــه يقــع بجــوار ديــر القديــس ديمتريــوس غــرب بركــة حمــام البطريــرك وإنــه يعتمــد فــي نفقاتــه علــى عطــاءات الحجــاج