كنائس الدير:

. كنيسة مارجرجس والأنبا رويس
مــن بوابــة الديــر تجــد علــى يســارك عــدة درجــات نازلــة لأســفل عندمــا تقــف عليهــا تجــد بابًــا فــي مواجهتــك تدخــل منــه لكنيســة مارجرجــس العليــا التابعــة للشــعب وهــذا البــاب خــاص بالراهبــات، وتجــد علــى يمينــك بابًــا آخــر هــو بــاب كنيســة مارجرجــس والأنبــا رويــس الخاصــة بالديــر حيــث تنــزل إليهــا بعــدة درجــات .

وبهــذه الكنيســة مذبحــان أحدهمــا علــى اســم الشــهيد العظيــم مارجرجــس والآخــر علــى اســم القديــس الأنبــا رويــس ،

ويذكــر التاريــخ الشــفاهي لراهبــات الديــر أن الجــزء الطولــي فــي الكنيســة الخــاص بمذبــح الأنبــا رويــس وكان مخزنًــا فــي القديــم عــاش فيــه الأنبــا رويــس فتــرة مــن الزمــن ، حيــث كان الأنبــا رويــس صديقًــا للبابــا متــاؤس الأول الـــ87 وكان يأتــي لزيارتــه كثيــرًا وكان يجلــس فــي هــذا المــكان لحيــن يتســنى لــه مقابلــة البابــا ولذلــك تــم ضــم هــذا المــكان للديــر وأصبــح مذبحًــا باســم القديــس الأنبــا رويــس

يوجـد بهـذه الكنيسـة أيضًـا أيقونـات أثريـة كثيـرة نـادرة ورفـات شـهداء وقديسـين كثيريـن منهـم رفات بعـض شـهداء حـارة زويلـة وجـزء من رفـات القديـس أغابيـوس الرسـول والشـهيد العظيـم مارجرجس والشـهيد مارمينـا والشـهيد يوليـوس الأقفهصـي والشـهيد مينـا الراهب والشـهيدة بربـارة وشـهداء أخميم والشـهيد أبوفام الجندي والقديس سـمعان الخراز والقديس نيقولاوس وزكا العشـار وأبونا إبراهيم البسـيط والقديسـة أفروسـينا

كنيسة القديسة العذراء مريم والقديسة أفروسينا
يوجــد بهــا مذبــح واحــد علــى اســم القديســة العــذراء مريــم والقديســة أفروســينا رئيســة الديــر التــي تنيحــت فــي 9 أمشــير 1024ش 1308م وتعيــد لهــا الكنيســة فــي 9 أمشــير مــن كل عــام الموافــق حاليًــا١٦ فبرايــر
يذكــر التقليــد الشــفاهي لراهبــات الديــر أن مــكان مذبــح كنيســة العــذراء والقديســة أفروســينا كان قلاية القديســة أفروســينا و بعد نياحتها أصبح مقصــورة باســمها ومــع مــرور الوقــت أقيــم فيهــا مذبــح وكنيســة