:1 المبانى الأولى
فــي البدايــة أُقيمــت كنيســة صغيــرة كنيســة الأنبــا صموئيــل المعتــرف التــي بهــا المقصــورة الخاصــة برفــات الشــهيد مارمينــا وبجوارهــا حجــرة لقداســة البابــا ، و أُخــرى لعمــل القربــان ، وكان قداســة البابــا كيرلــس ومرافقــوه يقضــون فــي هاتيــن الحجرتيــن أيامًــا وأحيانًــا شــهورًا فــي ظــروف قاســية لا يتوفــر فيهــا أمــن أو راحــة ، وذلــك للاطمئنــان علــى ســير العمــل

-:2 كنيسة العذراء القديسة مريم
أُقيمــت بعــد ذلــك هــذه الكنيســة وهـ َ ـي المواجهــة للداخــل إلــى الديــر المصليــن . وتحــوي ثلاثــة مذابــح ، و مــن المُعتــاد أن يقــام بهــا ثلاثــة قداســات وافتتحــت للصــاة فــي شــهر نوفمبــر 1961 م

-:3 كنيسة رئيس الملائكة ميخائيل

:4- كاتدرائية الشهيد مارمينا العجائبي بالدير
عــام ١٩٧٠ ابتــدأت أعمــال البنــاء بالكاتدارئيــة التــي قــام قداســة البابــا شــنوده الثالــث بافتتاحها
والصــلاة فيهــا، يــوم 26نوفمبــر ١٩٧٦ م فــي ذكــرى استشــهاد القديــس العظيم مارمينــا العجائبــي

5- مزار قداسة البابا كيرلس السادس
يقــع أســفل الجــزء الشــرقي مــن الكاتدرائيــة أي أســفل منطقــة المذابــح ، ويضــم جثمــان قداســته الــذي كان قــد وُضِ ــعَ بالمدفــن الخــاص بالبطاركــة أســفل الكاتدرائيــة المرقســية الكبــرى بالقاهــرة عقــب نياحتــه ثــم نقــل إلــى الديــر يــوم 24 نوفمبــر ١٩٧٢م باحتفــال عظيــم ، بنــاءًا علــى وصيتــه

6- كنيسة القديس مرقس الرسول
أُقيمَــت علــى امتــداد الكاتدرائيــة مــن الجهــة الشــرقية بحيــث تكــون وحــدة واحــدة مــع مــزار البابــا
كيرلــس الســادس . وحجــاب هــذه الكنيســة مــن الخشــب المُعشــق ، وتيجــان الأعمــدة وهــو مثــال تلــك التــي اكتشــف بالمنطقــة الأثريــة لديــر القديــس إرميــا بســقارة

-:٧- كنيسة القديس يوليوس الأقفهصي
هــذه الكنيســة علــى اســم القديــس يوليــوس الأقفهصــي كاتــب ســير الشــهداء . وتقــع فــي الركــن الجنوبي الشــرقي مــن ســور الديــر وبجــوار مدفــن الآبــاء ) الطافــوس ( ، و أُقيــمَ فيهــا أول قــداس يــوم الثلاثــاء ٢٢ تــوت ش ) ٢ أكتوبــر 1990 م ( فــي ذكــرى استشــهاد هــذا القديــس