الرىيسة الحالية للدير : الأم باسيليا الآباء البطاركة الذين ساهموا في تعمير الدير قداسة البابا متاؤس الأول الـ 87 )1378م – 1408م) وضــع البابــا متــاؤس فــي منــارة القاليــة البطريركيــة بكنيســة الســيدة العــذراء بحــارة زويلــة جرسً ــا مــن النحــاس لينبــه بــه المؤمنيــن إلــى مواعيــد الصــاة فــكان كل مــن يســمع رنيــن هــذا الجــرس يســرع ويعتقــد أن هــذا الجــرس هــو الموجــود حاليًــا بالديــر حيث أنــه ليــس للكنيســة جــرس خــاص بها بــل أن هذا الجــرس الأثــرى الموجود بالديــر يخــص الكنيســة والديــر . وراهبــات الديــر هــن المســئولات عــن دق الجــرس أثنــاء الخدمــات الطقســية الخاصــة بكنيســة العــذراء الثريــة وكنيســة الديــر قداسة البابا مرقس السادس الـ 101 )1642م – 1656م) حيــث كان مقــر كرســيه بحــارة زويلــة جــدد فــي بعــض المبانــى حيــث قــام بترميــم قاعــة الصــلاة وذلــك عــام 1645م ، وتوجــد مخطوطــة رقــم 312 طقــس محفوظــة بالمتحــف القبطــى بالقاهــرة يذكر بهــا أن البابــا مرقــس الســادس قــام بتشــييد قاعــة للصــلاة بــأ علــى كنيســة العــذراء بحــارة زويلــة واعتمــادًا علــى ذلــك ســجل القمــص فيلوثــاؤس إبراهيــم فــي الجــزء الثالــث الــذى كتبــه عــن الكنائــس القبطيــة بكتــاب علــى باشــا مبــارك ) الخطــط التوفيقيــة جــزء 6 صفحــة 75 ( حــدوث عمــارة فــي هــذا الديــر فــي زمــن هــذا البطريرك وهــذه القاعــة التــي هيأهــا البابــا مرقــس الســادس تمتــد فــوق أجنحــة كنيســة الســيدة العــذراء الأثريــة ويوجــد فــي تصميمهــا المعمــارى بــاب يــؤدى إلــى ســلم نــازل إلــى الطابــق الســفلى لكنيســة الســيدة العــذراء فهــى تعتبــر الطابــق العلــوى لكنيســة الســيدة العــذراء الأثريــة بحــارة زويلــة وهــى الآن كنيســة الديــر الخاصــة بالراهبــات، وقــد أُعِــدَ بهــا هيــكل ووضِ ــعَ فيــه مذبــح خشــبى و أقيــم بهــا أول قــداس عــام 1969 م حيــث صلــى نيافــة الأنبــا غريغوريــوس أســقف البحــث العلمــى نيابــة عــن قداســة البابــا كيرلــس الســادس قداسة البابا كيرلس الخامس الـ 112 )1874 م – 1927م . شهدت أديرة العذارى القبطيات اهتمامًا خاصًا وذلك بالتعمير والتعليم فانتعشت الأديرة البابا يوساب الثاني الـ 115 )1946م – 1956م بــدأت مشــكلة الميــاه الجوفيــة فــوق أرضيــة الكنيســة الأثريــة بحــارة زويلــة عــام 1946م وغمــرت أرض الكنيســة فطلــب الأرخــن متــرى خريســتو مــن قداســة البابــا الســماح بالصــلاة فــي هــذه القاعــة ككنيســة للشــعب فوافــق قداســته فأعــد الأرخــن هيــكلً و أقــام مذبحًــا و أقيمــت الشــعائر الدينيــة بهــا إلــى أن انتهــت الصبــة الخرســانية لأرضيــة الكنيســة و أعيــدت الصــلاة بهــا . قامــت رئيســة الديــر فــي ذلــك الوقــت برفــع المذبــح واســتعمالها كقاعــة اجتماعــات للراهبــات مــرة أخــرى )قداسة البابا كيرلس السادس الـ 116 )1959م – 1971م أعطــى دفعــة قويــة لحركــة الرهبنــة المعاصــرة فــي ديــر الســيدة العــذراء بإقامــة رئيســة علــى الديــر وهــى الأم مريــم ريــاض و ألبســها الإســكيم الرهبانــى وكانــت قــد ترهبــت بديــر القديــس أبــى ســيفين بمصــرالقديمــة وشــجعها علــى قبــول البنــات المتعلمــات للنهــوض بالأديــرة التــي كان يســودها حالــة ضعــف تعليمــى وثقافــي و أيضً ــا برعايــة قداســته ومســاندته تــم تحويــل قاعــة الاجتماعــات الخاصــة بالراهبــات ) الســابق ذكرهــا إلــى كنيســة خاصــة بالراهبــات بالديــر حيــث كانــت الراهبــات يمارســن كل صلواتهــن ومناســباتهن الطقســية وتتــم رســامتهن بكنيســة الســيدة العــذراء الأثريــة الخاصــة بالشــعب حيــث يربطهــا بالديــر ســلم موجــود حتــى الآن يســتخدمه الراهبــات فــي الوصــول للكنيســة للتنــاول بقداســات كنيســة الشــعب وســقف الكنيســة بــه نقــوش ورســوم مــن العصــر المملوكــى . وتحتــوى كنيســة الديــر علــى رفــات لعــدد مــن القديســين مثــل : القديــس أبــى ســيفين والقديــس ميخائيــل الطوخــى ويحتفــل الديــر بتاريــخ استشــهاده 30 كيهــك )1240ش – 1524م والقديــس صليــب الجديــد ويحتفــل الديــر بتاريــخ استشــهاده 3 كيهــك )1229ش – 1513م ( ورفــات أخــرى كمــا تحتــوى علــى أيقونــات أثريــة ومــن أشــهرها صــورة العــذراء المعروفــة بـــ » العــذراء الفلاحة تتكــون مــن جزئيــن جــزء علــوى وآخــر ســفلى )قداسة البابا شنوده الثالث الـ 117 )1971م – 2012م إذ كان لــه الفكــر النســكى الرهبانــى فــي حياتــه وتعاليمــه كانــت أول زيــارة لقداســته للديــر بحــارة زويلــة وهــو أســقف للتعليــم حيــث كانــت لــه جلســة روحيــة مــع الراهبــات وذلــك عــام 1971م . وحضــر قداســته خلال حبريتــه مــرات عــدة لســيامة راهبــات أو تفقــد أحــوال الديــر قداسة البابا تواضروس الثانى حضــر فــي 6 يونيــو 2014م لزيــارة الديــر بالنوباريــة لتدشــين كاتدرائيــة الســيدة العــذراء والقديــس يوســف النجــار يرافقــه لفيــف مــن الآبــاء الأســاقفة وحضــر قداســته فــي 18 ابريــل 2016م لســيامة مجموعــة مــن طالبــات الرهبنــة و الباســهن الــزى الرهبانــى فــي كاتدرائيــة الســيدة العــذراء والقديــس يوســف النجــار ومعــه أيضً ــا لفيــف مــن الآبــاء الأســاقفة ورئيســات أديــرة الراهبــات وبعــض الراهبــات مــن كل الأديــرة وحضــر قداســته أيضــا وأقــام قــداس اليــوم الأول مــن صــوم يونــان يــوم الاثنيــن 29 ينايــر 2018م لالطمئنــان علــى الراهبــات ولتفقــد أحــوال الديــر بعــد نياحــة الأم مريــم ريــاض رئيســة الديــر وفي عيد التجلى الموافق الاثنين 19 أغسطس 2019م حضر قداسته للدير وقام بســيامة إحــدى راهبــات الديــر وهــى الأم باســيليا رئيســة للديــربحضور الآباء الأســاقفة الأجلاء ورئيســات أديــرة الراهبــات وســط فرحــة عارمة