الدير هو أحد الأديرة التي أسسها القديس العظيم الأنبا باخوميوس
– 340 يرجــع تاريــخ إنشــاء الجــزء الجنوبــي مــن الديــر إلــى القــرن الرابــع الميــادي فــي الفتــرة مــا بيــن 348م وهــو عبــارة عــن آثــار الديــر القديمــة وآثــار الكنيســة القديمــة والتــي يرجــح أنهــا كانــت باســم الســيدة العــذراء
أمــا الجــزء الشــمالي مــن الديــر فقــد أنشــأه الأنبــا متــاؤس فــي بدايــة القــرن الثامــن الميــادي فــى عهــد
(((
البابــا الإكســندروس الثانــي

ومثــل باقــي أديــرة الصعيــد خــرب الديــر وقــد ذكــر المــؤرخ المقريــزي هــذا الديــر فــي خططــه التــي وضعهــا بيــن عامــي ( 1417م – 1436م ) بقولــه : وكان بأصفــون ديــر كبيــر ، وكانــت أصفــون مــن أحســن بــاد
مصــر ، وأكثــر نواحــي الصعيــد فواكــة وكان رهبــان ديــره معروفيــن بالعلــم والمهــارة

فخربــت أصفــون وخــرب
ديرهــا وهــى كلهــا متالشــية آيلــة إلــى الإندثــار بعــد كثــرة عمارتهــا ووفــور أعــداد رهبانهــا وســعة أرزاقهــم
(((
. وكثــرة مــا كان يحمــل إليهــا
ويظــل الديــر غيــر عامــر بالرهبــان حتــى عهــد البابــا شــنوده الثالــث حيــث أعطــى اهتمامًــا كبيــرًا للرهبنة والاديــرة حيــث بــدأ فــى إعــادة إعمــار الأديــرة ومنهــا ديــر القديــس الأنبا متــاؤس الفاخــورى

مثلــث الرحمــات نيافــة الأنبــا مرقــس مطــران إســنا والأقصــر ) 1879م – 1934م ( قــام بترميــم الديــر نحــو
.(((
سنة 1900م
. ( مثلث الرحمات نيافة الأنبا أبرآم مطران كرسي الأقصر وإسنا وأسوان ) 1949م – 1974م
أحضــر القمــص لوقــا المقــاري ) مثلــث الرحمــات نيافــة الأنبــا مينــا مطــران جرجــا ( لتعميــر ديــر القديــس الأنبــا متــاؤس الفاخــوري فخــدم الديــر والقــرى المحيطــة بــه بالافتقــاد ، وذلــك فــي عــام 1950م وقــد رســم بيــده صــورة للقديــس الأنبــا متــاؤس الفاخــوري مازالــت موجــودة بالديــر

اهتــم مثلــث الرحمــات قداســة البابــا شــنوده الثالــث الـــ117 بالديــر فانتــدب القمــص بمــوا الأنبا بيشــوى مثلــث الرحمــات نيافــة الأنبــا بمــوا أســقف ديــر مارجرجــس بالخطاطبــة ( لتعميــر الديــر وذلــك ســنة 1976م

وكان ذلــك فــى حبريــة نيافــة الأنبــا أمونيــوس أســقف الأقصــر وإســنا وأرمنــت 1976/6/13م ومــن حــب نيافتــه للديــر والرهبنــة وبعــد قــداس تجليــس نيافتــه يــوم الجمعــة 1976/7/23م فــى اليــوم التالــي الســبت
. (((
1976/7/24م قــام نيافتــه بصــاة القــداس فــى الديــر

وقــام نيافتــه بســيامة اثنيــن ) كهنــه متبتليــن ( لخدمــة الديــر وتعميــره وبعــد ذلــك تمــت ســيامتهما ) راهبيــن وذلــك فــى ديــر العــذراء المحــرق باســم الراهــب القــس بولــس المحرقــى ( القمــص بافلوس الســريانى ) والراهــب القــس بطــرس المحرقــى )القمــص يســطس الجوارجــى

وقــد واصــل مثلــث الرحمــات قداســة البابــا شــنوده الثالــث الــــ117 اهتمامــه بالديــر فقــام بتعييــن القمــص صرابامــون الباخومــى أمينًــا للديــر وذلــك ســنة 2000م

أثنــاء زيــارة قداســة البابــا شــنوده الثالــث
لســوهاج والأقصــر عــام 2004م قــام قداســته
بســيامة راهبيــن لديــر الأنبــا متــاؤس الفاخــورى
نظــرًا لأن الديــر غيــر معتــرف بــه مجمعيًــا تــم
ســيامتهما علــى ديــر الأنبــا باخوميــوس الشــايب
بالاقصــر . وهمــا : الراهــب متــاؤس والراهــب هدرا
فكونــا النــواة الأولــى لتأســيس مجمــع رهبانــى
بالديــر وانضــم إليهمــا خمــس مــن الاخــوة طالبــى الرهبنــة

إعتراف المجمع المقدس بالدير بعــد أن اعتلــى قداســة البابــا تواضــروس الثانــى السُّ ــدة المرقســية أظهــر اهتمامــاً كبيــرًا بالأديــرة والرهبنة
. وكان مــن باكــورة الأديــرة التــى اهتــم بهــا ديــر القديــس العظيــم الأنبــا متــاؤس الفاخــورى
حيــث أصــدر قداســة البابــا تواضــروس الثانــى قــرارًا بابويًــا رقــم 2013/28م بتعييــن القمــص صرابامــون الباخومــى أمينًــا للديــر لاســتكمال تعميــره رهبانيًــا ومعماريًــا تمهيــدًا لالعتــراف بالديــر
,
أرســل الديــر تقريــرًا مُفصَّ ــاً عــن الديــر لقداســة البابــا ونيافــة الحبــر الجليــل الأنبــا رافائيــل ســكرتير
-: المجمــع المقــدس وبنــاءًا عليــه أرســل قداســته لجنــة الاعتــراف بالأديــرة المكونــة مــن
1 1.
. نيافة الحبر الجليل الأنبا متاؤس أسقف ورئيس دير السريان العامر
. 2 2نيافة الحبر الجليل الأنبا يسطس أسقف ورئيس دي الأنبا أنطونيوس بالبحر الأحمر.
. 3 3نيافة الحبر الجليل الأنبا كيرلس اسقف ورئيس دير مار مينا بمريوط.
. 4 4نيافة الحبر الجليل الأنبا أبيفانيوس أسقف ورئيس دير أبى مقار.
وذلــك لمعاينــة الديــر ورفــع تقريــر للمجمــع المقــدس وقــد كان ذلــك علــى مــدار يومــى الاثنيــن الموافق
2013/11/11م والثالثــاء الموافــق 2013/11/12م حيــث قامــوا بمعاينــة الديــر وأســواره ومرافقــه ومزرعــة الديــر
. بالطريــق الصحــراوي الغربى

قــرر المجمــع المقــدس برئاســة صاحــب القداســة البابــا تواضــروس الثانــى الاعتــراف بديــر القديــس
العظيــم الأنبــا متــاؤس الفاخــورى ضمــن الأديــرة الرســمية فــى الكنيســة القبطيــة الأرثوذوكســية وإعــادة الحيــاة
. الرهبانيــة إليــه