كنائس الدير:

الكنائــس لهــا تصميــم معمــاري فريــد فهــي مصممــة بنظــام القبــاب فشــغفنا الشــديد بالتــراث الآبائــي هــو الــذي دفعنــا لبنــاء الكنائــس بنظــام القبــب كمــا عرفتــه الكنيســة القبطيــة فــي العصــورالأولــى . فالقبــة عنــد الأقباط هــي النمــوذج المفضل لاســقف الكنائس فــلا تخلــو كنيســة مــن قبــة تغطــي هيكلهــا الأوســط، فالقبــة أو الاســكنا لفظــة ذات أصــل عبــري تــدل علــى الحضــرة الإلهيــة .كمــا يوجــد بالديــر أحــد عشــر مذبحًــا
1- كنيسة الأنبا موسى القوي :
مصممــة علــى شــكل صليــب وهــي ككنائــس الديــر تظهر الطــوب الأحمــر المكحول بالمونــة البيضــاء مصــورة جمــالً رائــع الشــكل ومليئــةً بنقوش الصلبــان الجميلــة كصليــب الآلام أو المدبــب والــذي يشــير إلــى آلام الســيد المســيح أو الصليــب الالتينــي والــذي يشــير إلــى انتشــار المســيحية فــي 4 جهــات المســكونة
وبهــا ثلاثــة مذابــح مذبــح شــفيع الديــر القديــس العظيــم الأنبــا موســى الأســود ومذبحــان آخــران ؛ المذبــح القبلــي للقديــس مارجرجــس الرومانــي والمذبــح البحــري للقديــس أبســخيرون القلينــي ؛ وتضــم الكنيســة جــزءًا مــن رفــات أنبــا موســى الأســود وجــزءًا مــن رفــات القديســين مارجرجــس والقديــس ابســخيرون القلينــي والشــهيد مارمينــا
2-كنيسة السمائيين
كنيســة الســمائيين نــرى بهــا طــرازًا فريــدًا مــن نوعــه بالنســبة للكنائــس القديمــة فلهــا قبــة مركزيــة تشــبه الدائــرة ويحيــط بهــا 4 أنصــاف قبــاب فــي أركان الكنيســة
3- كنيسة الملاك ميخائيل والأنبا شنودة
كنيســة المــلاك لهــا طــراز معمــاري هندســي أقــرب إلــى نظــام الســراديب وهــي طــراز هندســي كان مفضــلاً فــي كنائــس الصحــاري
وبالرجــوع للوثائــق القديمة المعاصــرة للاضطهاد نجــد أن الكنائــس كانــت تبنــى فــي الســراديب تحــت الأرض ؛ وبهــا قبويــن اســطوانيين يغطيــان صحــن الكنيســة علــى هيئــة ســفينة فالســفينة تحمــل مدلــوً ل وهــي الكنيســة تحملنــا داخلهــا إلــى الســماء إلــى أن نصــل إلــى بــر الأمــان وهــو الســماء
4-كنيسة العذراء مريم والقديس مار مرقس الرسول
هــي أكبــر الكنائــس بالديــر ، وكانــت بمذبــح واحــد لمارمرقــس الرســول وتــم تجديدهــا وتوســيعها وأضيــف لهــا مذبحــان مذبــح العــذراء مريــم ومذبــح لأنبــا كاراس والأنبــا بيشــوي
والمذابــح الثالثــة تجمعهــا مصطبــة واحــدة ممتــدة مرتفعــة عــن الأرض بمقــدار درجــة واحــدة وبهــا حامــل أيقونــات مــن أروع مــا يكــون بــه ملامــح للكنائــس الأثريــة القبطيــة إذ بــه نافذتــان صغيرتــان تذكراننــا بأنهمــا كانتــا تســتخدمان لمناولــة المؤمنيــن مــن الأســرار حتــى لا تخــرج المقدســات خــارج الهيــكل
كمــا أن حامــل الأيقونــات مصنــوع مــن مــواد بنــاء وجديــر بالذكــر أن أول مــرة نــرى فيهــا حامــل أيقونــات مصنــوع مــن مــواد بنــاء كان فــي كنيســة أجيــا صوفيــا فــي مدينــة القســطنطينية والتــي بناهــا الإمبراطــور جســتنيان فــي القــرن الســادس الميــادي ,الكنيســة يعلوهــا مائــدة أو مضيفــة وتســمى فــي الأديــرة بالدوكســار فالمائــدة امتــداد لوليمــة أغابــي المعروفــة منــذ عصــر الرســل حتــى اندثــرت بعــد ذلــك مــن وقــت بعيــد إلا فــي مصــر حيــث حافظــت عليهــا الأديــرة