– بــدأت الرهبنــة فــيه بدايــة القــرن الرابــع الميــلادى، ومــن الواضــح أنــه كان لــه القيــادة الروحيــة والرهبانيــة بيــن أديــرة الفيــوم، نظــرًا لازدهار الحيــاة الرهبانيــة فــى بريــة النقلــون فــى النصــف الثانــى مــن القــرن الثالــث الميــلادى.

– لقــد حظيــت التجمعــات الرهبانيــة الكبيــرة بإقليــم الفيــوم (ديــر النقلــون ومــا يتبعــه)، برعايــة واهتمــام أب الرهبــان القديــس العظيــم الأنبــا أنطونيــوس الــذى زار الإقليــم أكثــر مــن مــرة.

– ترتبــط نشــأة وتأســيس الديــر فــى ذلــك الوقــت بالقديــس العظيــم الأنبــا أور ابــن ابنــة ملــك بــلاد المشــرق وأبــوه ابراشــيت كمــا تذكــر لنــا ســيرته المقدســة.

– وقــد ذُكــر أيضًــا تكريــس كنيســته ( كنيســة المــلاك غبريــال ببريــة النقلــون )، فــى كتاب السنكسار القبطى 26 بؤونــة والسنكسار الإثيوبى فــى 26 ســانىSANE.

– يســمى بـــ ديــر الخشــبة، فيذكــر العلاّمــة المقريــزى أن ديــر النقلــون يقــال لــه ديــر الخشــب، وديــر غبريــال المــلاك كمــا وردت هــذه التســمية أيضًــا عنــد بعــض المؤرخيــن القدامــى مثل علــى باشــا مبــارك والفريــد بتلــر.

– كما يذكر أيضاً فانسليب في رحلته أنه « سافر إلى دير الخشبة » ، ويرجح أملينو أن سبب تسمية الدير بالخشبة هى على أساس أن كلمة pi بالقبطية تعنى خشبة أو بإضافة أداة التعريف Piفتصبح الكلمة بمعنى الخشب، ومن ثم يكون الأسم القبطى دير الخشب .

– قد ورد ســبب تســمية الديــر بالخشــبة فــى كتــاب السنكســار الحبشــى، فيقــول توجــد خشــبة فــى ســقف الكنيســة لهــا علامــة تشــير إلــى فيضــان النيــل، فــى وقــت القــداس ينقــط منهــا مــاء كثيــر إذا كان فــى تلــك الســنة رخــاء، وإذا كان جــوع يظهــر مــاء مثــل العــرق.

– هنــاك رأى آخــر يتبيــن مــن خــلال التقاليــد الخاصــة بإيبارشــية الفيــوم، وهــو أن خشــبة الصليــب المقــدس قــد قســمت علــى الكراســى الخمســة أيــام الإمبراطــور قســطنطين، وأن الجــزء الخــاص بكنيســة مصــر نُقــل مــع بدايــة دخــول العــرب مصــر، ويبــدو ذلــك مــع مجــئ البابــا بنياميــن الـــ38 إلــى الفيــوم ووضــع هــذا الجــزء بديــر المــلاك غبريــال بجبــل النقلــون.

– يذكــر أبــو المــكارم عــن ديــر النقلــون فى القــرن 13 (1209م)، أنــه يحــوى كنيســة علــى اســم المــلاك ميخائيــل وبهــذه الكنيســة عمــود مــن الرخــام يبــدو وكأن الميــاه تتدفــق منــه،

– كمــا يوجــد بــه حصــن كبيــر يطــل علــى جبــل ،كمــا يوجــد بالقــرب مــن الديــر كنيســة للمــلاك غبريــال محاطــة بســور أنشــىء قبــل الكنيســة فــى13 أمشــير.

– جبــل النقلــون هــو المــكان الــذى اســتراح فيــه يعقــوب بــن اســحق بــن ابراهيــم، وقــدم فيــه العبــادة والذبائــح للــه فــى أيــام يوســف بــن يعقــوب وهــذا يعطــى أهميــة خاصــة للديــر.