يرجــح بــأن تاريــخ الديــر يرجــع إلــى القــرن الرابــع الميــادى وكان الديــر قديمًــا عامــرًا بالرهبــان منــذ إنشــائه حتــى القــرن الثانــى عشــر الميــادى وتهــدم فــي عــام 1173 م علــى يــد صــاح الديــن الأيوبــى أثنــاء الغــزو المخــرب علــى مملكــة النوبــة ، وبنيــت الكنيســة الحاليــة بالديــر فــي العصــور الوســطى وهــذا يتضــح لنا مــن خبــر رســامة القــس أشــعياء النقــادى علــى كنيســة المــاك ميخائيــل بظاهــر نقــادة بيــد البابــا يؤانــس الـــ13 البطريــرك 94 بتاريــخ الجمعــة الموافــق 11 طوبــة 1224 ش الموافــق 7 ينايــر 1508 م ، وجــددت الكنيســة فــي القــرن الثامــن عشــر
وكان الديــر ذا إتســاع عظيــم ويوجــد بقيــة مــن أثــاره خــارج ســور الديــر ويوجــد أيضًـا فــي الجانــب القبلــى مــن الديــر بحوالــى 50 م تقريبًــا بئــر أثــرى للمــاء مــن العصــر القبطــى خــارج الديــر ويقــال أن هــذا البئــر كان وســط الديــر الدليــل علــى ذلــك هــو وجــود بقايــا مــن المبانــى القديمــة المتهدمــة بجــوار البئــر مــن الطــوب اللبــن مــن نفــس طــوب الكنيســة و بقايــا مــن فــرن القربــان