في اليوم الأول من شهر كيهك من سنة 978 للشهداء ( 1261م )، تنيَّح البابا القديس أثناسيوس الثالث البطريرك السادس والسبعون من بطاركة الكرازة المرقسية. ترَّهب هذا القديس بدير الأنبا أنطونيوس باسم الراهب بولس بن كليل.
وبعد أن ظل الكرسي المرقسي شاغراً بنياحة البابا كيرلس الثالث الشهير بابن لقلق، نحو سبع سنوات ونصف، اتفق رأي الأساقفة على إقامته بطريركاً، بعد أن صلُّوا وألقوا قرعة هيكلية فوقعت عليه، وتمت رسامته في 12 بابه سنة 967 للشهداء ( 1250م ).
اهتم هذا البابا برسامة الكهنة الروحيين وافتقاد الشعب ووعظه وتعليمه. ولما وجد أن الكنائس تحتاج إلى الميرون المقدس، دعا الأساقفة إلى دير القديس مكاريوس حيث قام بعمل الميرون مؤدياً الصلوات المقدسة في فرح روحي شمل الجميع.
ولكن السلام والفرح الذي ساد الكنيسة لم يَدُمْ طويلاً بحسد الشيطان، فقام بعض الرعاع بحرق كنيسة باسم العذراء وقُتِلَ كثير من الأقباط فطغى الحزن على قلب البابا أثناسيوس الثالث حينما رأي كل هذه المصائب تحل على شعبه، وأراد الرب أن يريحه من أتعاب هذا العالم فتنيَّح بسلام، فودعه شعبه بإكرام جزيل اعترافاً بفضله وأعماله الصالحة، ودُفن بكنيسة الشهيد مرقوريوس – أبى سيفين – بمصر القديمة، بعد أن أقام على الكرسي نحو إحدى عشرة سنة.