في اليوم العشرون من شهر توت من سنة 213 للشهداء ( 496م ) تنيَّح الأب المغبوط الأنبا أثناسيوس الثاني البطريرك الثامن والعشرون من بطاركة الكرازة المرقسية. وقد كان هذا الأب وكيلاً على كنائس الإسكندرية، فلما تنيَّح البابا بطرس الثالث البطريرك السابع والعشرون، اتفق رأى الآباء الأساقفة والأراخنة على تقديم هذا الأب بطريركاً، لِمَا عُرِفَ عنه من الصلاح واستقامة الإيمان. وقد دُعي باسم أثناسيوس الصغير تمييزاً له عن القديس أثناسيوس الرسولي. وكان ذلك في أيام الإمبراطور زينون.
وقد اشترك هذا الأب مع أنسطاسيوس قيصر، الذي جاء بعد زينون في إعادة السلام بين كنائس الشرق، بعدما مزَّق مجمع خلقدونية الكنيسة.
وعاش هذا البابا فترة هدوء وسلام راعياً شعبه بالبر والاستقامة. ثم تنيَّح بسلام. وكانت مدة جلوسه على الكرسي المرقسي حوالي سبع سنين.
