في يوم 16 بابة من سنة 397 للشهداء ( 681م )، تنيَّح البابا أغاثون البطريرك التاسع والثلاثون من بطاركة الكرازة المرقسية. وكان من عائلة شريفة بمريوط، فلما كبر صار تلميذاً للبابا بنيامين البطريرك الثامن والثلاثين، وقد رسمه كاهناً على إحدى كنائس الإسكندرية. ولما اختفي البابا بنيامين زمناً من وجه مضطهديه الخلقيدونيين، ترك الأب أغاثون يواظب على وعظ المؤمنين وتثبيتهم على الإيمان المستقيم، فكان يطوف متخفياً في زى نجار يحمل أدوات النجارة، ويمارس أعمال الكهنوت الرعوية ويقيم الأسرار الإلهية خفية. وظل هكذا إلى أن عاد البابا بنيامين إلى مقر كرسيه فاتخذه سكرتيراً خاصاً له.
ولما تنيَّح البابا بنيامين ال 38، اُختير هذا القديس لرتبة البطريركية الجليلة، فرسموه يوم 14 طوبه سنة 387 للشهداء
( 662م ) وقد لقي شدائد كثيرة من أجل الإيمان المستقيم، من ذلك أن إنساناً يُدعى ثيئودوروس خلقيدوني المذهب ذهب إلى الخليفة بدمشق وقدم له أموالاً وأخذ منه أمراً بتعيينه والياً على الإسكندرية والبحيرة ومريوط، فما تولى هذا المنصب اضطهد الأنبا أغاثون اضطهاداً شديداً وكان يطلب منه جزية كبيرة وأصدر أمراً بأن أي إنسان يجد البطريرك فليقتله، فحبس الأنبا أغاثون نفسه في قلايته إلى أن أهلك الله هذا الوالي الشرير. وفي زمن هذا البابا كملت عمارة كنيسة القديس مكاريوس بديره ببرية شيهيت، وفي إحدى الليالي ظهر له ملاك الرب وأعلمه عن راهب قديس بدير القديس مكاريوس اسمه يوحنا، وأمره بأن يستحضره ليساعده في وعظ الشعب وتعليمه، وأخبره بأنه سيصير بطريركاً بعده فاستحضره وسلم إليه أمور الكنائس وتعليم الشعب. ولما أكمل سعيه الصالح تنيَّح بسلام.
