ولد يوم 3 أغسـطس 1923 م بقرية سـلام بمحافظة أسـيوط ، واسمه بالميلاد : نظير جيـد روفائيـل. واجتاز مراحله التعليمية الأولى فى دمنهور والاسكندرية وأسيوط وبنها، وأتم دراسته الثانوية بمدرسة الإيمان الثانوية بجزيرة بدران بشبرا مصر .
فى سنة 1939م بدأ خدمته فى مدارس التربية الكنسية بكنيسة العذراء بمهمشة بالقاهرة، وفى سنة 1946م بدأ خدمته بكنيسة القديس الأنبا أنطونيوس بشيكولانى بشبرا مصر، وفى سنة 1947م حصل على ليسـانس الآداب قسـم التـاريخ من كـلية الآداب بجامعـة فـؤاد الأول (جامعة القاهرة حاليا)، وفى نفس السنة (1947م) تخرج من كلية الضباط الاحتياط، وفي سنة 1946م التحق بالكلية الاكليريكية وتخرج بها سنة 1949م ، وعمل فى مجال التدريس، وفى سنة 1949م تكرس للخدمة وللتدريس بالاكليريكية ، وقد تولى رئاسة تحرير مجلة مدارس الأحد (فى اكتوبر 1949م) وحتى رهبنته (فى يوليو1954م)، وفى سنة 1952م أختير رئيساً لمجلس ادارة بيت مدارس الأحد، ثم استقال منه ليتفرغ للأكليريكية وللخدمة، فى سنة 1953م قام بالتدريس فى مدرسة الرهبان بحلوان .
فى 18 يوليو 1954م ترهب بدير السيدة العذراء (السريان) بوادى النطرون بأسم: الراهب أنطونيـوس السـريانى .. وصار أمينا لمكتبة دير السريان ، وبدأ حياة الوحدة فى فبراير 1956م، تمت سـيامته قساً يوم الأحد 31 أغسطس 1958م بيد الأنبا ثاؤفيلس أسقف الدير وقتذاك ، وفى يونيو 1959م اختاره البابا كيرلس السادس ليكون سكرتيراً له. وفى30 سبتمبر 1962م تمت سيامته أسقفاً للتعليم بأسم الأنبا شـنودة. وأسس أجتماعات روحية للوعظ والتعليم بمنطقة دير الأنبا رويس بالعباسية .. وفى يناير 1965م أصدر العدد الأول من مجلة “الكرازة” ، وفى سنة 1966م أصبح عضواً بنقابة الصحفيين .
بعد نياحة البابا كيرلس السادس يوم 9 مارس 1971م ، تم ترشيحه للجلوس على الكرسى البابوى، وكان ضمن الثلاثة الذين أختيروا بالانتخاب يوم 26 أكتوبر 1971م . وفى يوم الأحد 31 أكتوبر 1971م تم اختياره بالقرعة الهيكلية، وفى يوم الأحد 14 نوفمبر 1971م تم تتويجه وتجليسه على الكرسى البابوى.
فى فبراير 1991م أختير رئيساً لمجلس الكنائس العالمى عن الارثوذكس الشرقيين والشرق الأوسط ، وفى 8 نوفمبر 1994م أختير رئيساً لمجلس كنائس الشرق الأوسط عن عائلة الكنائس الأرثوذكسية الشرقية وتجدد أنتخابه لمرة ثانية سنة 1998م ، ولمرة ثالثة 2003م.
قام بعـدد 104 رحلة خارج مصر لأهداف رعوية ومسكونية للعديد من الدول فى قارات أفريقيا وآسيا وأوروبا وأمريكا الشمالية وأمريكا اللاتينية وأستراليا. وقام بسيامة أول بطريرك لإريتريا وهو أبونا فيلبس الأول 1998م، كما قام بسيامة أبونا أنطونيوس الأول بطريركاً لإريتريا 2004م . وقام بسـيامة 117 مطراناً وأسقفاً وخور ايبسكوبوس، وكذلك سيامة 1001 كاهن للقاهرة والاسكندرية وبلاد المهجر، وقام بعمل الـميرون المقـدس سبع مـرات، وفى سنة 1973م أحضر إلى مصر رفات القديس أثناسيوس الرسولى . وصدرت فى عهده بعض اللوائح ، منها : لائحة المجمع المقدس (1985م)، ولائحة المكرسات (1991م) . وفى 25 مايو 1980م أسس أسقفية لخدمة الشباب، وفى 1976م تأسست أسقفية عامة لشئون أفريقيا, وفى1995م تأسست أسقفية للكرازة، وأسس معهد الرعاية والتربية 1974م، ومعهد الكتاب المقدس 1974م، وفي عهده تم انشاء المقر البابوي بمنطقة الأنبا رويس بالعباسية، وتأسست فى عهده مراكز ومؤسسات علمية وثقافية، منها: المركز الثقافى القبطى الأرثوذكسى (2008م)، ومركز البابا شنوده للتنظيم وتكنولوجيا المعلومات (15 نوفمبر 2000م)، ومؤسسة مار مرقس لدراسات التاريخ القبطى (1998م)، وأنطلقت فى عهده قنوات فضائية قبطية : قناة آغابى (2005م)، وقناة سى تى فى (ctv) (2007م)، وقناة لوجوس (2010م)، وقناة مار مرقس (مى سات) (2011م) . وأسس ايبارشيات جديدة بمصر وبلاد المهجر ، وقام قداسته بإفتقاد إيبارشيات مصر والخارج عدة مرات، وكذلك افتقاد كنائس مصر وبلاد المهجر، وأفتقاد الأديرة داخل مصر وخارجها . والعديد من الاتفاقيات المسكونية ، والمؤتمرات واللقاءات والحوارات اللاهوتية والمسكونية.
وكانت له مواقف وطنية كثيرة منها : مساندة القضية الفلسطينية ، وقضية القدس، ومساندة الوطن خلال حرب 6 أكتوبر 1973م، واستطاع أن يعبر بالكنيسة إلى بر الأمان أثناء القرارات التى أصدرها الرئيس أنور السادات فى سبتمبر 1981م ومنها قرار الغاء تعيينه بابا للإسكندرية ، وأقامته الجبرية بالمقر البابوى بدير القديس الأنبا بيشوى بوادى النطرون لمدة أربعين شهراً ، وعاد إلى مقر كرسيه فى يناير 1985م .. وفى سنة 2011م أصدرت “اللجنة الدائمة” للمجمع المقدس برئاسة قداسته بياناً بتاريخ 15 فبراير 2011م أكدت فيه تأييدها لثورة 25 يناير 2011م، والإشادة بدور الجيش المصرى والمجلس الأعلى للقوات المسلحة وما أصدره من بيانات.
مؤلفاته يبلغ عددها حوالى 150 كتاباً، وتشمل العديد من المجالات الروحية واللاهوتية والعقائدية وغيرها ، وتمت ترجمة العديد من مؤلفاته إلى لغات متعددة . كما كانت له مقالات : بمجلة الكرازة ، وجريدة وطنى ، وجريدة الأهرام وجريدة الجمهورية وجريدة أخبار اليوم، ومقالات أخرى بمجلة الهلال، وله حوالى 20 قصيدة روحية إلى جـانب العديد من أبيـات الشعر, وغيرها
تنيح مساء يوم 8 برمهات 1827 ش الموافق 17 مارس 2012م ودفن جسده يوم 20 مارس 2012م بمقبرة خاصة بدير القديس الأنبا بيشوى بناء على وصيته، وقد جلس على الكرسى البطريركي لمدة 40 سنة و4 أشهر و4 أيام وبهذا يعتبر سابع البابوات من حيث طول مدة الجلوس على الكرسى المرقسى .. وعاش 88 سنة و7 أشهر و14 يوم .. واشتهر بمواقفه الوطنية .. ومن أشهر عبارته : “مصر ليست وطناً نعيش فيه ، بل مصر وطن يعيش فينا ”
