في اليوم الحادي عشر من شهر أمشير من سنة 1240 للشهداء (1524م)، تنيح البابا القديس يوأنس الثالث عشر البطريرك الرابع والتسعون من بطاركة الكرازة المرقسية. وُلد هذا القديس ببلدة صدفا. كان رجلاً فاضلاً محسناً على الفقراء والمساكين، ترهب بدير القديسة العذراء المحرق وسار سيرة رهبانية فاضلة، وبعد نياحة البابا يوأنس الثاني عشر أجمع الأساقفة وأراخنة الشعب على اختيار الراهب يوحنا المحرقي (يوحنا المصري) لرسامته بطريركاً، فرسموه يوم 15 أمشير سنة 1200 للشهداء (1484م)، فرعى رعية الله أحسن رعاية، وكان في عهده توجد اسقفية قبطية في جزيرة قبرص وفي عهده أيضاً تم إحضار جسد الشهيد العظيم مرقوريوس ابي سيفين الى كنيسته بمصر القديمة واستمر البابا يوأنس على الكرسي المرقسي مجاهداً في سبيل إعلاء قدر كنيسته مدة 40 سنة أتم فيها الكثير من الإصلاح والتجديد وكتب العديد من المؤلفات الروحية. ثم تنيح بسلام ودُفن بكنيسة القديسة العذراء مريم بحارة زويلة التي كانت مقراً للبطريركية.
الحاكم : الناصر محمد بن قايتباي 1496 ـ 1497م الظاهر قانصوه الأشرفي 1497م الناصر محمد بن قايتباي 1497 ـ 1498م الظاهر قانصوه الأشرفي 1498 ـ 1500م الأشرف جنبلاط 1500 ـ 1501م العادل طومان باي 1501م الأشرف قانصوه الغوري 1501 ـ 1516م العادل طومان باي 1516 ـ 1517م سليم الأول 1512 ـ 1520م سليمان القانوني 1520 ـ 1566م